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밤나무 줄기마름병균은 상처를 통해 침입해 줄기와 가지의 형성층을 죽이는 병으로, 병반 위에 만들어진 자낭포자가 주로 바람을 타고 날아가 새로운 나무의 상처 부위로 옮겨진다. 분생포자는 비바람에 씻겨 흐르거나 곤충·조류에 묻어 이동하지만, 병을 널리 퍼뜨리는 주된 전반 경로는 공기 중으로 비산하는 포자다. 이 병균은 토양이나 종자에 잠복해 전염되는 유형이 아니며, 선충이 매개하는 소나무재선충병과도 전반 방식이 다르다. 따라서 방제는 상처를 만들지 않고 발생한 병든 가지를 제거·소각하는 것이 핵심이다.